Pondok Pesantren Tahfidz Al Qur’an Bait Qur’any menerapkan kurikulum terintegrasi antara kurikulum Diknas dengan kurikulum pesantren. Para santri akan memperoleh ijazah sekolah, ijazah pondok, dan ijazah tahfidz. Mata pelajaran umum tingkat Madrasah Tsanawiyah (MTs) meliputi Matematika, IPA, Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, Bahasa Arab, IPS, PKn. Untuk tingkat Madrasah Aliyah (MA) meliputi Fisika, Kimia, Biologi, Matematika, Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, Bahasa Arab.
Materi kepesantrenan meliputi Tahfidz Al Qur’an, Tahfidz Hadist, Bayna Yadaik, Mustqili, Ushul Fiqh, Qiroatul Qutb, Nahwu Wahdih, Tafsir Hadist, Tafisr Qur’an, Hadist Arbain, Umdatul Ahkam, Balaghoh, Figh Bulughul Maram, Sirah, Faroid, Muhadharah.