Madrasah Tsanawiyah (MTs) dan Aliyah Bait Qur’any merupakan program pendidikan yang mensinergikan pendidikan umum dan pendidikan pesantren. Keunggulan keduanya ada pada Tahfidz Al Qur’an.
Pembekalan ilmu-ilmu pesantren seperti nahwu shorof, ushul fiqh, fiqh, qiroatul qutb, hadist, tafsir al Qur’an, tafsir Hadist, balaqoh, faroid, menjadi pelajaran wajib bagi seluruh santri.
Begitu juga pelajaran IPA, Matematika, Bahasa Inggris, Bahasa Arab, Fisika, Kimia, Biologi, dll juga wajib diikuti oleh seluruh santri.
Ponpes Bait Qur’any telah membuktikan bahwa kegiatan menghafal al Qur’an tidak menjadi penghambat untuk mempelajari ilmu-ilmu lainnya, dan sebaliknya. Justru ilmu-ilmu umum menjadi ajang refershing saat para santri sudah selesai pelajaran tahfidz. Para santri akan masuk kelas dan bersenang-senang dengan pelajaran matematika, IPA, dll.
Untuk tingkat Tsanawiyah tahun 2018/2019 ini akan meluluskan angkatan ke -4, dan untuk tingkat Aliyah menjadi tahun pertama kelulusan mereka.
7 (enam) santri kelas 9 mencapai hafalan terbanyak 30 juz dari 17 santri. Sisanya mencapai hafalan minimal 15 juz dengan rata-rata 6 juz mutqin.
